申報：申請單位提出書面申請，填寫《衛生許可證申請書》或《衛生許可證變更申請書》，并遞交符合衛生要求的有關材料。
登記：依照衛生許可受理規定和公共場所許可的條件，對屬于受理范圍的申報材料進行核對、登記。新建、改建、擴建公共場所應按照預防性衛生監督工作程序，先辦理建設項目衛生審查認可，按審核批準的內容施工，工程竣工后申辦建設項目竣工衛生驗收認可，再申報辦理《公共場所衛生許可證》。
提交相關材料：除了上述申請書外，還需要提交法定代表人（負責人、業主）相關證明、委托代理人資格證明等資料，以及食品經營活動的場所和設備布局、生產工藝流程、衛生設施等示意圖，新建、改建、擴建工程的預防性衛生審核材料，承諾書，經營場所場地合法使用的有關證明等。
審批：食品衛生許可證辦理工作人員在收到申請后五個工作日內作出是否受理決定，受理后二十個工作日內作出審批決定。
發放許可證：作出準予決定后十個工作日內發放食品衛生許可證。
需要辦理衛生許可證的行業包括但不限于：
食品生產經營企業，如飲食業、特殊營養食品、食品添加劑、保健食品等生產加工廠（場）、門店。
從事供水的自來水廠、自備水源、二次供水的單位。
公共場所，如賓館、飯館、旅店、招待所、咖啡館、酒吧、茶座、公共浴室、理發店、美容店、影劇院、錄像廳（室）、游藝廳（室）、舞廳、音樂廳、體育場（館）、游泳場（館）、公園、展覽館、博物館、美術館、圖書館、商場（店）、書店、候診室、候車（機、船）室、公共交通工具等。
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