采用微生物發酵的方法可提高玉米蛋白的可溶性，從而提高其作為飼料的動物消化利用率，促進玉米蛋白質資源的有效利用。
目前微生物發酵飼料常使用的菌種為酵母菌、乳酸菌、芽孢桿菌、鏈球菌屬及部分霉菌等，飼料酵母可產多種動物所需的消化酶，對營養物質的消化吸收起著重要作用，同時酵母菌具有濃烈的酵母香味，對家畜增加食欲增強消化吸收等有一定作用;芽孢桿菌具有較強的淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶活性，可明顯提高飼料利用率，還可以消耗大量的氧氣，維持腸道厭氧環境，抑制致病菌的生長，維持腸道正常生態平衡，增強機體;
乳酸菌可以提高飼料的品質，并能直接促進動物生長，改善消化道微生態環境，調節消化道免疫系統，具有替代含飼料的潛能。每種菌在發酵飼料中都有不同的功效，因此混合發酵效果要優于單菌發酵