對申請人的作用：有助于其順利參與各類經濟活動。在許多交易中，對方可能要求提供擔保以降低風險，申請人通過提供保函，可以滿足對方的要求，增強自身在交易中的信用度，從而更容易獲得合同、訂單等商業機會。
與保證的區別：保證通常是一種人的擔保，主要依賴保證人的信用和償債能力；而保函除了人的擔保外，還往往與銀行等金融機構的信用和資金實力相關，具有更強的可靠性和獨立性。在法律關系上，保證一般是從屬于主債權債務關系的從合同，而保函在一定程度上具有獨立性，即使基礎交易出現問題，只要保函的索賠條件成就，受益人通常仍有權向擔保人索賠。
合同約定：預付款保函是為保障基礎交易合同中預付款的而設立的，合同雙方可根據交易的具體安排和需求，在合同中約定預付款保函的期限。比如在大型設備采購合同中，雙方可根據設備生產周期、運輸時間等因素，協商確定預付款保函的期限。
從法律規定角度看
只要預付款保函期限的約定是在法律法規允許的范圍內，且是合同雙方真實意思的表示，不存在欺詐、脅迫等違法違規情形，那么保函期限超過預付款使用期限是合法有效的，受到法律的保護。我國《民法典》等相關法律法規尊重當事人的意思自治，允許合同雙方根據實際情況協商確定保函期限等條款。
