1、 有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權利、義務缺少明確的規定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責任。因此在選擇代賬公司的時候，企業就要更加謹慎。
2、個別 “代理記賬公司”沒有代理記賬資質（市財政局批準的代理記賬許可證、會計上崗證等），發生問題可以回避責任，損害委托單位的利益。這也是小企業在選擇代賬服務公司時必須要注意的事項。
3、 財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。
4、 會計資料交接麻煩、不夠規范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續，發現遺失或毀損時無法查找。
5、代理記賬單位通常是定期或定時上門服務，日常業務可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業務
好處
、 費用節省，享用專業團隊的服務。
第二、 運用計算機技術，，低差錯率。
第三、 政府審批，專業正規，保障經濟責任，免除企業后顧之憂。
第四、 避免因會計人員變動造成企業不必要的經濟損失，同時也節省了專職會計住房、社會保險開支。
第五、 避免專職會計技能單一，影響會計質量。
第六、自身記賬需要親自填制、整理、分類、裝訂各類憑證；更需不時親自到工商、稅務部門辦理業務。而代理記賬，會比較省心。
采取針對性措施，積極推動代理記賬的實施。關于代理記賬的推動及實施，我們認為除了有關部門單位大力宣傳以外，應當由稅務部門牽頭推動其實施。一是稅務部門同規模較小的單位組織，特別是一些規模較小的經營組織和個體工商戶聯系緊密，推廣工作力度大；二是稅務部門本身有這方面的經驗，一方面，稅務部門在建制建賬上有著豐富的經驗，另一方面，前幾年稅務部門曾進行過組織、督促小型經濟組織及個體工商戶建制建賬工作，只是由于種種原因沒有堅持下來；再有就是現有的稅務師事務所可以馬上開展這項業務。當然，代理記賬僅僅靠稅務部門一家是不夠的，其他符合法律要求的中介組織和機構，也應當積極開展這方面的業務，為代理記賬創造必要的條件。
委托代理記賬的委托人應當履行下列義務：
（1）對本單位發生的經濟業務事項，應當填制或者取得符合國家統一的會計制度規定的原始憑證；
（2）應當配備專人負責日常貨幣收支和保管；
（3）及時向代理記賬機構提供真實、完整的原始憑證和其他相關資料；
（4）對于代理記賬機構退回的要求按照國家統一的會計制度規定進行更正、補充的原始憑證，應當及時予以更正、補充。
