檔案銷毀應當在指定場所進行：
電子檔案和檔案數字復制件需要銷毀的，除在指定場所銷毀離線存儲介質外，還應當確保電子檔案和檔案數字復制件從系統中徹底刪除。銷毀時應當留存電子檔案和檔案數字復制件元數據，并在管理過程元數據、審計日志中自動記錄銷毀活動。涉密檔案的銷毀應當符合《國家秘密載體銷毀管理規定》。
經鑒定可以銷毀的會計檔案,應當按照以下程序銷毀:
(一)單位檔案管理機構編制會計檔案銷毀清冊,列明擬銷毀會計檔案的名稱、卷號、冊數、起止年度、檔案編號、應保管期限、已保管期限和銷毀時間等內容。
(二)單位負責人、檔案管理機構負責人、會計管理機構負責人、檔案管理機構經辦人、會計管理機構經辦人在會計檔案銷毀清冊上簽署意見。
(三)單位檔案管理機構負責組織會計檔案銷毀工作,并與會計管理機構共同派員監銷。監銷人在會計檔案銷毀前,應當按照會計檔案銷毀清冊所列內容進行清點核對;在會計檔案銷毀后,應當在會計檔案銷毀清冊上簽名或蓋章。
電子會計檔案的銷毀還應當符合國家有關電子檔案的規定,并由單位檔案管理機構、會計管理機構和信息系統管理機構共同派員監銷。
除了以上提到的三種方法，還有其他的銷毀方式，如化學銷毀和物理銷毀。
化學銷毀是指利用化學反應將文件中的信息轉化為無害物質。這種方式適用于處理大量且復雜的文件，如會計檔案。通過使用強氧化劑或還原劑，可以破壞文件中的化學鍵，將其分解為不可恢復的物質。但需要注意的是，化學銷毀會產生有害物質，對環境和人體健康造成潛在危害，因此需要嚴格控制和管理。
物理銷毀則是指通過物理手段對文件進行處理，如采用高溫熔化、粉碎和激光切割等。這種方式能夠確保文件徹底不可恢復，適用于處理涉及國家和商業機密的敏感文件。熔化銷毀適用于處理錄音帶、錄像帶等磁性媒介，而激光切割則適用于處理硬盤、芯片等電子存儲設備。但物理銷毀需要高度專業的設備和技能，且處理過程可能產生噪聲、振動和電磁污染等環境問題。