投標保函辦理手續費（銀行保函）得根據辦理方式來定，如果企業自己去銀行辦理，交全額保證金，然后按照季度交手續費，大概在幾百塊不等，還有一種方式是通過占用第三方擔保公司在銀行的額度出的保函（分離式保函），這種保函跟企業自己去出保函效果一樣，出的保函上不體現擔保公司，只體現受益人、申請企業、項目名稱、保函金額和期限等信息，這種費用也是幾百塊，但是不用交保證金。
二、占用擔保公司在銀行的額度出保函
（1）提供的資料僅僅只有：招標文件電子版、營業執照電子版。
（2）擔保公司根據招標文件要求，做保函的格式，然后給申請企業確認。
（3）格式沒問題，交手續費（幾百塊）給到擔保公司。
（4）擔保公司提交銀行，等著出保函，快的話，當天就出保函，慢的話，隔天出保函。
預付款保函在國際承包業務中使用時，是由承包人通過銀行向業主提供。保證書規定，如申請人不履行他與受益人訂立的合同的義務，不將受益人預付、支付的款項退還或還款給受益人，則由銀行向受益人退還該款項。
商業保函與銀行保函有什么區別？
1、信用不同：銀行保函是由銀行直接出具的，屬于銀行信用，而商業保函是由專業的擔保機構或商業機構出具的，屬于商業信用。
2、用途不同：銀行保函多用于國際貿易，國內會比較少，屬于國際擔保業務，而商業保函多用于國內國家。
3、商業保函相對于銀行保函要簡單上許多，其不需要準備太多的資料，而且辦理速度快，費用也比較低。
4、商業保函的格式條款相對于會靈活一些，而銀行保函的格式就會比較嚴謹，不能隨意更改。