醫院污水處理后，要達到排放規范，必須選用二級污水處理工藝+，若排往地表水體的醫院還需進行脫氯處理。在二級污水處理的各種工藝中，目前醫院有的構筑物場所以及操作人員多為非技術人員，用全主動操控的二段生物觸摸氧化工藝++脫氯。為發生噪音，選用潛水曝氣機進行曝氣。
一、醫院污水處理設施處理原則：
1.全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2.減量化原則。嚴格醫院內部衛生管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集。
3.處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須處理。
4.分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5.達標與風險控制相結合原則。綜合醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和管理等方面提高應對事件的能力。
6.生態原則。去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中副產物產生和出水中過高余氯，保護生態環境。
二、一體化污水處理設施優勢：
1、設備埋于地下地表面積可以作為綠化用地，為醫院節省占地面積。
2、醫院污水處理設備用耐腐蝕、抗氧化材質制成，使用長，為醫院節省運行費用。
3、生物接觸氧化池結合層層過濾、裝置，污水處理效果好。
4、設備脫臭效果好、產生的污泥量小，不會給環境造成其他污染危害。
5、全自動控制系統，安裝損壞報警系統。