北京大學第六醫院門診設有普通門診、專家門診、特需門診、中西醫結合門診、神經內科門診、多專家會診以滿足不同層次、不同問題患者的就診需求;還設有進食障礙、成癮行為、睡眠障礙、記憶障礙、行為分析治 療、精神疾病康復咨詢、心理、老年兒童等相關專業門診，以滿足就診者對專科或特殊方向的咨詢和治 療需求。
劉琦強調，需要各級政府加強投入，對兒童自閉癥從國家層面上高度重視，各種對自閉癥兒童的診療、科普、關愛、康復活動廣泛展開，為自閉癥兒童家庭帶來希望。而且科學研究方面也加強了經費投入，使得更多的科學家投身于這方面的研究。抑郁癥的患病率高，影響更大，更需要從國家層面、各級政府層面的投入。
從實習醫生到主任醫師，劉琦醫生已經在北大六院工作了二十多年。每日查房看患者、調整方案、日常帶教、出門診以及作為科室副主任承擔一些科室管理工作，她的工作十年如一日。病房的住院醫三個月或六個月輪轉一次，經她帶教的住院醫也有幾百個了，幾乎沒有住院醫不喜歡她。
在兒童精神病學領域，致力于注意缺陷多動障礙(ADHD)和相關破壞行為問題的病因及發病機制、治 療、預后和成人期ADHD的系列研究，開展兒童孤獨癥、創傷后應激障礙、兒童精神分裂癥等兒童期重要精神障礙的臨床與應用基礎研究， 先后承擔國家自然科學基金、科技部“十一五”支撐計劃、973計劃、國家重點研發計劃、原衛生部、教育部、北京市科委等多項基金課題，在病因學、臨床評定和治 療方面均取得較為突出的成績。
