北京301醫院與100多個國家和地區的醫學院校、醫療科研單位開展了廣泛的學術交流和技術合作，每年有700多名技術人員出國進修和技術合作，有400多名國外專家來院訪問、講學。先后聘請了150余名國外學者擔任名譽教授和技術顧問。
北京301醫院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內、國際公開發表的論文總數和國內論文被引用次數連續4年居全國醫院之首。
令狐恩強率先定名完善消化內鏡隧道技術，模糊了消化內外科的界限，替代了一批傳統外科手術；率先提出基于保持人體解剖結構不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創手術新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術模式，為未來手術方法學與器械研發指明了方向。
令狐恩強指出，近幾年，隨著消化內鏡技術的快速發展，我國已從微創外科到超級微創外科的過渡。現在廣義上的微創手術指的是微小創口的外科手術。然而微創發展到今天，它的概念已經改變：相對于開腹、開胸而言，微創是用腹腔鏡、胸腔鏡等內鏡對患者病變部位進行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內鏡技術的發展，我們現在強調：在保留組織解剖結構完整和保證器官功能的基礎和前提下，可能性地切除病變部位，從而達到患者的目的。這我們稱之為“超級微創”，這也是未來醫學的發展趨勢。
