承包人在不得不提供履約保函的情況下，應該爭取有利的保函條款。在實踐中，有以下要點需要注意：
，保函的有限期應為閉口形式，具體可約定為竣工之日或監理工程師簽發解除缺陷責任證書后的一個固定時間。
第二，索賠條款應約定發包人的書面索賠與擔保人付款之間有一定的間隔時間，以使承包人有足夠的時間與發包人談判，將爭端解決在擔保人賠付之前。
第三，在征得發包人認可的基礎上，履約保函的數額可隨工程進度的完成而遞減，擔保人在保函該減額時應及時提醒承包人辦理減額手續，一旦出現賠付，賠付的總金額不得超過擔保額。
第四，其他約定。如可約定在監理工程師頒發工程移交證書后，發包人同意用維修保函來代替履約保函;發包人不得將保函轉讓給第三方等等。
承包人接收到保函索賠通知后，應冷靜分析索賠原因，及時選擇合法途徑解決履約保函爭議。首先，應與保函當事人進行溝通。與發包人溝通，力爭消除雙方誤解，促使發包人撤回索賠文件或者放棄索賠權利。與擔保人溝通，要求擔保人嚴格審查索賠文件，合理謹慎地履行賠償義務。其次，以發包人為被告提起訴訟，并申請訴前或訴訟財產保全措施，請求法院裁定通知擔保人暫停保函項下賠付，待基礎合同糾紛解決后，視生效判決或裁定結果決定終是否賠付，以避免給擔保人或者承包人造成無法挽回的經濟損失。但由于我國現有法律并沒規定保函欺詐或不當索賠例外的規則，承包人只能依據民事訴訟法的相關規定提出上述請求，實踐中法院是否作出上述裁定，有待其具體裁量。
履約保證金不同于定金，履約保證金的目的是擔保承包商完全履行合同，主要擔保工期和質量符合合同的約定。承包商順利履行完畢自己的義務，招標人必須全額返還承包商。履約保證金的功能，在于承包商違約時，賠償招標人的損失，也即如果承包商違約，將喪失收回履約保證金的權利，且，并不以此為限。
如果約定了雙倍返還或具有定金獨特屬性的內容，符合定金法則，則是定金;如果沒有出現“定金”字樣，也沒有明確約定適用定金性質的處罰之類的約定，已經交納的履約保證金，就不是定金，而是其他金錢質。約定了履約保證金卻又沒有交納的，關于履約保證金的約定成立但不發生法律效力(因為，質押合同也是實踐性合同，必須以交付為生效條件)。
履約保證金必須游離在工程造價之外，只作為中標方違約時招標方損失的補償，招標人必須是具備招標能力的法人，其建設資金已經到位，不能把履約保證金作為工程造價的補充。因此，履約保證金具有獨立性，必須由雙方認可的機構負責收繳、儲存、執行和返還。
