關稅保函（Guarantee for the Customs Duties）是指擔保銀行應進口商（含加工貿易企業）的申請而向海關出具的、保證進口商履行繳納關稅義務的書面文件。關稅保函主要包括兩種類型，即關稅保付保函、加工貿易稅款保付保函。
保函的有效期通常從開立之日起到工程合同預計竣工日期延長3個月為止。如果工程未按時完工，申請人在保函到期前需要辦理延期手續。當工程項目出現拖欠農民工工資的情況時，由人社部門和行業主管部門共同出具書面通知，啟動保函賠付程序。金融機構需要在收到通知后的3個工作日內劃撥資金至指定的賬戶，用于支付拖欠的工資。
根據相關法律規定，農民工工資保證金確實可以使用金融機構出具的保函來替代。《保障農民工工資支付條例》第三十二條明確指出，“工資保證金可以用金融機構保函替代”，這意味著除了傳統的現金繳存方式外，還可以通過保函的方式來滿足這一制度的要求。
農民工工資保函是指擔保人（銀行、保險機構或專業擔保公司）應承包商申請，保證其在勞務用工合同項下或根據工程所在地政府相關要求，按時、足額向參與工程建設的施工人員支付工資的書面承諾，緩解企業財務壓力，保障農民工工資的如期、足額、及時發放。