根據相關法律規定，農民工工資保證金確實可以使用金融機構出具的保函來替代。《保障農民工工資支付條例》第三十二條明確指出，“工資保證金可以用金融機構保函替代”，這意味著除了傳統的現金繳存方式外，還可以通過保函的方式來滿足這一制度的要求。
農民工工資保函是指擔保人（銀行、保險機構或專業擔保公司）應承包商申請，保證其在勞務用工合同項下或根據工程所在地政府相關要求，按時、足額向參與工程建設的施工人員支付工資的書面承諾，緩解企業財務壓力，保障農民工工資的如期、足額、及時發放。
投標人在中標后簽訂的合同中規定，承包人委托銀行向業主出具的由業主按合同規定向承包人支付一筆工程預付款，及時用于實施項目的保證函件（即A委托B向C作出擔保，擔保內容是C按合同約定向A支付的預付款確實在用于項目的實施）。
履約保證金不同于定金，履約保證金的目的是擔保承包商完全履行合同，主要擔保工期和質量符合合同的約定。承包商順利履行完畢自己的義務，招標人必須全額返還承包商。履約保證金的功能，在于承包商違約時，賠償招標人的損失，也即如果承包商違約，將喪失收回履約保證金的權利，且，并不以此為限。