胃腸腫瘤中心三病區是以消化道腫瘤為主要病種，特別是對結直腸腫瘤的，科室長期以來，堅持以“病人為中心”，消化道腫瘤，特別是綜合方面積累了豐富的經驗。科室主任顧晉教授現任中華腫瘤學會全國副主任委員，中國協會大腸癌專業委員會副主任委員，并為美國外科學院外籍會員（FACS）。在結直腸癌的方面積累了豐富的經驗，科室堅持多學科聯合查房，每周進行包括腫瘤影像，腫瘤內科及放療科，病理科等多學科會診，堅持為病人帶來符合國際規范的綜合。對胃癌的綜合規范化也具有相當的經驗。科室現有主任醫師3名，副主任醫師3名，主治醫師3名，住院醫師2名，高年醫師均具有留學經歷，大多具有博士、碩士學位。科室承擔國家及省部級多項科研項目，每年在國際知名雜志上發表多篇專業論文。胃腸外二科注重瞄準國際消化外科發展前沿，與世界多個知名的結直腸外科中心建立聯系，包括美國，法國，英國等多個國家的知名專家均曾多次蒞臨我科進行學術交流，胃腸外二科近年來所取得的成績也得到國際同行的認可。
北京大學腫瘤醫院胸部腫瘤內二科以肺癌、惡性胸腺瘤、胸膜間皮瘤等為主要病種，具有豐富的臨床經驗、先進的理念，規范基礎上的個體化診療為特點。科室追蹤國際研究進展，結合數十年臨床經驗，為患者量身打造規范合理的綜合方案，擅長各種類型肺癌的內科及綜合(化療、靶向)，規范的癌癥疼痛處理及姑息，同時開展氣管鏡診治肺部腫物。我科每周與胸外科、放療科、介入科、中醫科、影像科、病理科、核醫學科進行肺癌多學科聯合會診，為患者提供、便捷合理的綜合診治安排。
胸部腫瘤內二科形成了高學歷高素質、以患者為中心、積極進取的醫療團隊，訓練有素、敬業有愛心的護理團隊，全科醫護人員30人，醫師中具有博士學歷者占70%。
北京大學腫瘤醫院介入科創建于1996年，是一個獨立的、有鮮明特色的臨床科室。目前介入病房有34張床位，醫師13人，其中正高職稱醫生2人，副高職稱5人，中級職稱4人，住院醫師3人，在讀研究生4人。科室配備了GE大平板血管造影系統(4100IQ)，具有大視野DSA功能、三維血管成像和CBCT成像功能，三維血管容積成像使經血管的腫瘤介入準確性和性明顯提高，同時完成的CT斷層重建使經皮穿刺介入功能進一步完善。目前正在安裝配置國際Siemens Miyabi Angio-CT系統，該系統具有滑動64層螺旋CT功能和大平板數字化減影功能，并實現CT和DSA的真正融合，是現代影像學引導介入的典范，推動該科的介入達到國際先進水平。
北京大學腫瘤醫院放療科始建于1976年，同年，我國臺直線加速器在這里自主研制成功。
放療科2000年即在國內較早開始開展三維立體定向適形放療， 2004年在北京市率先開展三維適形動態調強放射，迄今采用調強放療技術患者超過13000例，并取得良好的療效。2008年放療科引進了具有功能的后裝機、大孔徑CT定位機和20套先進的計劃系統， 2009年國內臺VMAT在我放療投入使用;2011年國內臺True Beam投入使用;2012年引進國內首套大孔徑核磁定位系統放射，在放療設備的配置方面達到了國際先進水平。
