北京大學腫瘤醫院胃腸腫瘤中心二病區擁有的胃腸腫瘤診療和研究團隊，比肩國際胃腸診療中心。共開放床位29張，專長于進展期胃腸腫瘤的手術和綜合、早期胃癌的保留功能手術、低位直腸保肛手術等。主治病種包括胃癌、結直腸癌、胃腸道間質瘤和其他少見胃腸道腫瘤。在多學科討論的基礎上，為每一位患者制定和實施為合理的診療規劃。在中心主任季加孚院長的直接領導下，科室秉承北京大學腫瘤醫院的優良傳統，追求，不斷進步，在臨床、科研、教學等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持穩健、嚴謹工作作風的同時，走上了高速發展的快車道。科室人員結構：1、人員構成：主任醫師3人，副主任醫師6人，主治醫師7人，住院醫師2人，護理人員17人。2. 科室主要領導：胃腸腫瘤中心主任季加孚，科主任步召德，護士長趙旻。
科室特色包括：微創手術、外科、疑難手術、功能保留手術、快速康復、病人全程管理。
北京大學腫瘤醫院肝膽胰外一科創建于1996年。現有病床33張，醫師10人，其中正高職稱醫生2人，副高職稱1人，中級職稱4人，在讀研究生4人，所有醫生均為研究生畢業。建科以來，在黃信孚及邢寶才主任的領導下，科室全體醫師秉承以"延長病人生存，改善病人生活質量，為病人解除病痛"為目標，把肝膽胰腫瘤綜合的理念與肝膽胰外科手術的近技術相結合，不斷創新，不斷提高，不斷完善，形成了鮮明的本科室的診療特色。在醫療、科研和教學方面居國內水平。同時，培養出了一大批研究生和青年醫師。
現任主任邢寶才，教授，主任醫師。擔任：中國協會肝癌專業委員會常委，中華外科學會肝臟外科學組委員，中華腫瘤學會肝癌學組委員，中國協會大腸癌肝轉移學組委員，中國協會膽道腫瘤委員會常委，中國協會胰腺癌委員會委員，衛生部腫瘤規范化專家委員會委員，北京協會理事，北京協會肝膽胰腫瘤委員會主任委員，北京腫瘤學會委員，北京大學肝癌中心副主任，北方肝癌專家委員會副主任。同時擔任多種雜志的編委和審稿專家。
乳腺腫瘤內科是以進展期乳腺癌診治為主的專科臨床科室，現有主任醫師3名，副主任醫師1名，主治醫師5名，住院醫師2名，臨床護士20名，開放床位33張。科室以乳腺癌綜合為重點，包括化療、內分泌、靶向等，強調規范化基礎上的個體化，尤其對于復發轉移性乳腺癌的更有豐富的經驗和獨到的見解，診治水平在國內享有盛譽，是NCCN乳腺癌指南中國版內科部分執筆人之一，主持和參與多項國內外臨床試驗。乳腺腫瘤內科近5年主持或參與完成了多項國家自然科學基金、國家973項目分課題、北京市新世紀百千萬人才工程、首都醫學發展科研基金、教育部高等學校博士學科點專項科研基金、北京市衛生系統高層次人才培養計劃、國家“十二五”重大專項課題。發表文章百余篇，其中SCI文章三十余篇。
日間化療是指腫瘤患者白天住院化療，晚上回家休息的醫療服務模式，隨著我國腫瘤發病率的逐年增加，腫瘤相關醫療資源日趨緊張，在可自理的腫瘤患者中大力推行日間模式，既是提高患者生活質量的重要舉措，更符合世界范圍內腫瘤模式向日間醫療轉化的大趨勢。
2012年8月我院經過全院醫療資源的重新整合開設日間化療病區，2013年6月正式面向全院收治日間門診/住院患者，秉承“便捷、、、人文”和“以患者為中心”的理念，經過多年的探索和不斷完善，已初步形成了一套成熟的日間診療模式。
