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分離系統主要就是色譜柱，它主要起到分離的作用。在使用色譜柱尤其是使用極性色譜柱時要除去載氣中的氧，要注意在更換氣瓶時不要混入空氣，也可以在氣體流路中安裝氦氣凈化器。
如果有鬼峰等出現，應該先考慮切除色譜柱進樣口端的部分長度，并視基線和柱流失的情況，對色譜柱適時進行老化。老化色譜柱一般按照慢升快降的原則，初始溫度50?℃以5?℃/min升到限制溫度下20℃，保溫30?min，20?℃/min下降到50?℃，如此循環2~3次即可。需要注意的是，色譜柱老化時應將色譜柱和檢測器端斷開，否則會污染檢測器。如果還是不能除去色譜柱柱內殘留的難揮發的物質，可切掉連接進樣口端的色譜柱30~50?cm左右，然后再老化色譜柱。
如果色譜柱不再使用時，應該將色譜柱兩端插入廢棄的隔墊中堵死，使色譜柱管內與外部空氣隔離，避免空氣進入色譜柱，破壞色譜柱內部涂層。
當色譜柱的分離效率出現降低時，這將會影響到分離度，應該視情況更換新的色譜柱。
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