企業在實施MES系統時要把握好詳細需求分析、需求變更管理、二次開發管理、上線前策劃及上線后的持續改善等關鍵核心環節。具體如下：
1、詳細需求分析
企業進行詳細的需求分析，旨在使企業業務需求與實施的系統實現平滑的銜接，這是關鍵環節，避免為后期系統實施帶來不必要的隱患。
2、需求變更管理
在MES系統實施過程中，負責人既要確保需求的實現，又要控制好需求的變更，尤其是在系統上線的前后，業務部門會提出很多變更需求，此時項目負責人必須堅信的理念是：“此時的80%以上的需求變更是可以不用響應的。”可以灌輸“先固化，再優化”、“先強力推進應用，即便有問題也要用，但同時對業務部門所提出的需求認真的處理”的思想。處理的原則為收集、整理、分類、處理。
3、二次開發管理
企業要想科學的管理好“二次開發”項目，就必須從“源頭”進行控制，即規范二次開發的需求分析。首先，判斷是否需要進行開發，不需要二次開發范疇，做好說服工作；需要二次開發范疇，應該嚴格的按照軟件工程的要求，同企業一起界定清楚二次開發的范圍及目標，并進行詳細的、無二意性的功能描述、開發進度安排、質量體系保證、開發成本及所需資源等。
其次，要加強開發過程控制，二次開發的主體既要嚴格按照項目管理的思路對開發從進度、質量和成本上進行管理和控制；又要按照軟件工程的思路做好詳細設計、代碼開發、功能測試、集成測試等關鍵環節的工作，保證終交付的產品是經得起用戶的考驗。
后，處理好二次開發的驗收工作。如果前期環節都執行到位，那么二次開發的驗收工作就相對簡單，關鍵除了否滿足雙方所約定的《二次開發需求報告》外，還要重點做好相關文檔、相關代碼的存檔工作，并做好與之相應的實施、培訓工作。
4、上線前策劃
即MES系統正式上線前需要進行的評估，通過評估可以查缺補漏，確保一次上線成功。通常上線前的評估主要包括：需求分析、基礎數據管理、系統配置與二次開發、系統接口、系統測試以及其他相關項目。
5、項目驗收
正常情況下，項目需要在應用大致1-2月后再組織驗收。驗收分為縱、橫兩方面，縱向代表驗收流程，橫向代表驗收內容，縱橫兩方面交錯進行。
①驗收流程主要是部門劃分：生產計劃→車間作業→庫管→質量管理→設備部→工藝部。
②驗收內容主要分為七部分：功能驗收(包含二次開發功能)、流程驗收、數據及報表驗收、接口驗收、培訓驗收、文檔驗收、其他驗收。
MES系統驗收結果通常分為：解決、變通解決、未解決三種情況。對于未能實現的內容，應該根據情況區別對待。
總結以上，一個MES系統軟件項目的成功，需要多方的通力配合。