從國內MES的起步到現階段的突破性發展，清晰地展現了國內MES系統技術在研究、應用上的發展成果，同時也清晰的指出了國內MES的突破口在于：深化應用。發展證明：MES系統只有不斷深入研究、深入應用，才能夠實現技術與應用上的創新和突破。
那么國內MES的突破發展，應當從哪些方面進行深化研究與應用呢？國內MES深化應用的突破口主要在以下幾方面：
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1、MES系統體系構架與功能上
到目前為止，國內MES系統在體系架構、功能等方面的研究上取得了一定進展。過去，MES的研究和開發，將ERP系統中計劃和調度等相關功能移植到MES體系架構中。從技術層面看，流程行業MES系統體系架構、功能、平臺的技術開發基本掌握，并形成系統平臺，而國內MES系統要深入發展，還應當就將MES系統體系構架與功能在實際應用中深化。
2、面向國內應用需求開發適應的MES
國內MES的突破口，還在于圍繞國內企業生產管理的國情，開發適合國內企業深化應用的MES系統，中國MES系統研究機構、開發商、應用企業等夠已經在向這個方向努力。
3、工程界與企業的深化應用
MES系統在工程界、企業中已經得到應用，并且見到了應用成效，更應當深入拓展應用，實現精益化管理。
4、縮短與國外MES的差距
國內MES的突破口的深化應用應當找準方向，投入研究與更大的努力。但不可否認的是，國內MES系統的研發技術與應用，仍然與國外存在相當大的差距，主要表現在以下兩個方面：
MES系統的主要內容是生產過程管理，其中必然要涉及生產計劃，包括產品的質量計劃、消耗計劃、成本計劃等等，這些計劃終通過調度指令、生產活動，而在過程優化上，國內MES顯然不足，因此過程優化也是國內MES的突破口之一。
國內MES系統的智能化的實現技術與國外有較大的差距。過去，生產過程管理憑借管理人員和操作人員的經驗， MES系統僅僅提供了一個替代經驗管理方式的操作系統平臺，但如何將生產管理者的經驗固化在MES系統中，成為國內MES的有一大突破口。MES智能化是未來我國MES系統實現跨越發展的主要方向。
5、離散型工業MES系統的發展
現階段，國內MES系統平臺開發基本完成，MES系統也在在鋼鐵、石油、化工等流程型行業取得一定效果。提高MES優化、智能化水平將是未來MES系統的主要研究方向和重要的工作。但要使MES系統實現總體上的應用，更重要的任務是實現MES系統在企業中的推廣深化應用。要形成完整的MES，還需要促進MES系統在離散制造業應用與拓展。