獨立性保函則不同，它雖是依據基礎合同開立，但一經開立，便具有獨立的效力，是自足文件，擔保人對受舉益人的索賠要求是否支付，只依據保函本身的條款。
獨立性保函一般都要明確擔保人的責任是不可撤銷的、無條件的和見索即付的。保函一經開出，未經受益人同意，不能修改或解除其所承擔的保函項下的義務；保函項下的賠付只取決于保函本身，而不取決于保函以外的交易事項，銀行收到受益人的索賠要求后應立即予以賠付規定的金額。見索即付保函就是獨立性保函的典型代表。
備用信用證作為信用證的一種形式，并無從屬性與獨立性之分，它具有信用證的“獨立性、自足性、純粹單據交易”的特點，受益人在該信用證為準，開證行只根據信用證條款與條件來決定是否償付，而與基礎合約并無關。
保函和備用信用證適用的法律規范和國際慣例不同。
由于各國對保函的法律規范各不相同的，到目前為止，尚未有一個可為各國銀行界和貿易界廣泛認可的保函國際慣例。獨立性保函雖然在國際經貿實踐中有廣泛的應用，但大多數國家對其性質在法律上并未有明確規定，這在一定程度上阻礙了保函的發展。
在憑保函交付貨物的情況下，收貨人保證在收到提單后立即向船公司交回全套正本提單，承擔應由收貨人支付的運費及其他費用的責任，對因未提交提單而提取貨物所產生的一切損失均承擔責任，并表明對于保證內容由銀行與收貨人一起負連帶責任。憑保函簽發提單則使得托運人能以清潔提單、已裝船提單順利地結匯。關于保函的法律效力，海牙規則和維斯比規則都沒有作出規定，考慮到保函在海運業務中的實際意義和保護無辜的第三方的需要，漢堡規則次就保函的效力問題作出了明確的規定，保函是承運人與托運人之間的協議，不得對抗第三方，承運人與托運人之間的保函，只是在無欺騙第三方意圖時才有效；如發現有意欺騙第三方，則承運人在賠償第三方時不得享受責任限制，且保函也無效。