1886年，清光緒十二年，美國(guó)基督教“衛(wèi)理公會(huì)”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會(huì)”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會(huì)在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購(gòu)?fù)自褐罚_始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結(jié)核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長(zhǎng)得到了中華博醫(yī)學(xué)會(huì)的資助，聘請(qǐng)美國(guó)醫(yī)生潘提司先生來(lái)院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學(xué)校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會(huì)醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長(zhǎng)被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會(huì)會(huì)督江長(zhǎng)川、美國(guó)代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會(huì)收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會(huì)。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長(zhǎng)。
1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。
北京同仁醫(yī)院眼底專科現(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國(guó)內(nèi)規(guī)模大、綜合實(shí)力強(qiáng)的眼底病團(tuán)隊(duì)。團(tuán)隊(duì)骨干擁有各自明確的臨床專長(zhǎng)和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國(guó)際前沿。
在科研方面，近年來(lái)，在原發(fā)性閉角型青光眼和原發(fā)性開角型青光眼發(fā)病機(jī)制和早期診斷方面做出重大成績(jī)，其科研成果連續(xù)獲得2013年和2014年國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)兩項(xiàng)，2012年中華醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)一項(xiàng)，北京科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)一項(xiàng)。同時(shí)多人多項(xiàng)目承擔(dān)國(guó)家和北京市重點(diǎn)科研項(xiàng)目。
作為具有同仁特色的科室，眼外傷專科特別注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟?？频暮献鳎诮徊鎻?fù)合學(xué)科發(fā)展上在國(guó)內(nèi)獨(dú)樹一幟。眼外傷?？婆c耳鼻喉科成立了鼻眼相關(guān)中心，聯(lián)合開展了復(fù)合路徑下的眶壁骨折整復(fù)術(shù)、多重療法的視神經(jīng)管減壓術(shù)、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術(shù)和眶-鼻竇異物取出、眶面復(fù)合創(chuàng)傷多學(xué)科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術(shù)、眶顱異物取出術(shù)，大大提高了手術(shù)成功率。
