同仁醫院歷經百余年發展，凝練出“精誠勤和”的醫院精神。在新的歷史時期，同仁人將繼承和發揚百年同仁優良傳統，弘揚主流文化，苦練內功，精于內涵，團結一致，創新發展，努力為人民群眾提供優質、、快捷的醫療服務。
1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛理公會”的蘭大夫、衛大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫院”的眼科診所。
1899年，“衛理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現北京同仁醫院地址)使館區內選定并購妥院址，開始籌備興建工程。
1913年，醫院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養院”，專門結核病。
1914年，醫院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫學會的資助，聘請美國醫生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協和醫院合辦牙科專門醫學校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛生局接收同仁醫院全部資產，日偽北京市衛生局將同仁醫院改為“市立第二醫院”，賀慶院長被迫離職。
1945年5月，醫院又由日本“開發醫療組合”接管，改名為“開發醫院”。
1945年11月14日，衛理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛生局，要求將醫院收回管理。次年1月，衛理公會收回了醫院，恢復使用同仁醫院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。
1952年7月，醫院與北京市婦嬰醫院合并，更名為“北京市同仁醫院”，增設了婦產科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫院，更名為“北京市立同仁醫院”。
1955年，醫院更名為“北京市同仁醫院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫院的神經外科全部遷到以神經外科為中心的宣武醫院。
1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。
1966年，文化大革命開始后醫院更名為“北京市工農兵醫院”。
1979年，醫院復名“北京市同仁醫院”。
1994年，更名為“首都醫科大學附屬北京同仁醫院”。
北京同仁醫院眼外傷專科成立于1968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷專科。北京同仁眼外傷專科技術力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫師以上職稱的高級專業人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。
北京同仁醫院眼科屈光手術中心在原衛生部的批準和支持下，于1993年率先在國內開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術。時至今日，已成為國內每年完成屈光矯正類手術門診和手術總量多的屈光專科，是國內，具有國際影響力的屈光手術診療中心之一。
中心擁有一支實力雄厚的專業技術團隊，現有醫生8人，醫技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫師3人，副教授和副主任醫師4人，主治醫師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫生百余名。
為了大限度滿足患者門診、手術的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術量近1.5萬例。技術團隊多年來積累了大量的臨床手術及并發癥處理方面的經驗。
