醫院擁有5位中國工程院院士，1百多名技術三級以上專家，1千多名高職專業技術人員。醫院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎20項，國家發明獎2項，軍隊科技進步一等獎21項。 [2]
2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院排行榜》和《2016年度中國醫院專科聲譽排行榜》，中國人民解放軍總醫院名列第三。
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先后牽頭并主持承擔了國家重大課題330多項。獲國家發明專利50余項。獲得新藥證書7項、診斷試劑生產批件13項、軍隊制劑批件43項。發表病毒性肝炎相關SCI論文800篇（IF≥10論文24篇）。依靠協同創新網絡推廣普及病毒性肝炎相關知識。一方面緊密瞄準解決臨床問題“接地氣”的宏偉目標，組織開展國際化、高質量的多中心臨床研究，取得具有重大臨床指導意義的創新性成果，另一方面創新國際交流與合作模式，與世界大學、研究院所、醫療機構和跨國企業等建立戰略合作伙伴關系，獲得具有“高大上”特性的科研成果，提高學術水平和地位。
