同仁醫院現有中國工程院院士1名，北京學者3名，長江學者1名，享受政府特殊津貼專家11名，獲、北京市突出貢獻專家12名。作為首都醫科大學第四臨床醫學院，醫院承擔著重要的教學任務。醫院現有學位點28個，其中博士學位點13個。碩士生導師114人，博士生導師41人。擁有15個北京市住院醫師培訓基地。
改革開放以來，醫院共獲得省部級以上科技成果獎勵138項，其中8項，獲得國家自然科學基金資助項目253項。
在臨床相關研究方面，眼底專科開展了增生性玻璃體視網膜病變發病機制的研究，視網膜下人工假體植入技術及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質組學分析，黃斑營養不良的致病基因定位研究，年齡相關性黃斑變性發病危險因素和早期干預研究，以及眼病的流行病學研究等。持續不斷的獲得了多項及省部級課題經費的支持。發表了系列高質量研究論文，形成了同仁品牌效應和國際影響力。北京同仁醫院眼底專科堅持以臨床服務為根本，以科研創新為導向，醫療、教學、科研、預防發展的目標，推動了創新型的科學研究工作的持續開展和學科臨床服務水平的不斷提高。
北京同仁醫院眼外傷專科集幾代眼外傷人的總結積累、幾十年的臨床實踐診治經驗，業已形成一套具有自身特色的、在國內外業界具有良好口碑的眼外傷診斷常規，現已發展成為我國規模大、綜合技術力量強的眼外傷專科。眼外傷專科除開展一般常見疾病手術如：白內障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內異物取出，視網膜嵌頓、視網膜脫離復位等手術外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯合手術，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網膜病變、眼前節紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內復雜性眼外傷患者的轉診中心，使許多以往無法醫治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。
近年來眼外傷專科在國內率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內窺鏡下的視網膜脫離復位、眼內異物取出以及眼內窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創玻璃體視網膜手術，在“微創意識”引領下積極開展微創玻璃體視網膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯合角膜移植、各類兒童玻璃體視網膜病變的微創玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。
