北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫院主體并稱“一院三所”，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為原國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？疲嗅t眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。首都醫科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內。醫院設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會會員)。
青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業。多年來，在國內眼科學界長期占據優勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫學會眼科學分會青光眼學組組長單位，也是中國醫師協會眼科學分會青光眼委員會主任委員單位。
青光眼科主要的特點和優勢是注重臨床和科研相結合。在保持原有臨床技術優勢的情況下，注重基礎科研工作，在國內學術界具有優勢。
青光眼科有博士研究生導師一人，碩士研究生導師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔首都醫科大學及首都醫科大學國際學院本科生、研究生、國際學生的臨床授課任務;青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數52張，年手術量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術前平均住院日低于4天，各項醫療指標位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養研究生和進修醫生近百名。
北京同仁醫院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷專科。北京同仁眼外傷?？萍夹g力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫師以上職稱的高級專業人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。
