據醫院官網2015年12月信息顯示，醫院設置165個臨床、醫技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫學專科中心和研究所，形成了以綜合診療為特色的13項專業優勢。同時是全軍重癥監護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設有國際醫學中心和健康醫學中心，提供高端預防保健服務。醫院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術近9萬例。
國家老年疾病臨床醫學研究中心（解放軍總醫院）是由國家科技部、衛生健康委員會、軍委后勤保障部和原食品藥品監督管理總局于2016年7月聯合批準建設的第三批國家臨床醫學研究中心，主任為老年醫學專家范利教授，中心依托解放軍總醫院第二醫學中心老年醫學部主管主建，擁有集國家重點學科、國家臨床醫學研究中心、國家臨床重點專科（軍隊建設項目）、北京市及全軍重點實驗室、全軍保健人員培訓基地“五位一體”的老年醫學優勢學科群，連續5年蟬聯全國老年醫學專科排行榜榜首，涌現出一批德高望重、造詣精深的老年醫學大家，已建成體系完整、人才接續的學科體系。
國家耳鼻咽喉疾病臨床醫學研究中心是為加強我國耳鼻咽喉疾病醫學科技創新體系建設、打造臨床醫學和轉化研究的“高地”而創建的項目，目標是形成我國耳鼻咽喉疾病重大臨床醫學研究的“國家隊”。
擬通過開展高質量循證醫學研究、驗證新技術和新方法、實施多學科交叉轉化研究、開發和推廣基層適宜技術、探索臨床研究方法和管理模式，搭建國家耳鼻咽喉疾病臨床研究公共技術支撐的平臺。通過高質量臨床多中心研究，出指南、出理論、出技術、出產品、出成效，為國家制定政策提供依據，以提高耳鼻咽喉疾病防控能力，改善民眾健康。
堅持臨床專科病理教學、理論授課、技能培訓、科主任教學查房、疑難病例討論，突出腎活檢病理、血液透析、腹膜透析、CRRT等專科特色。現有博士生導師7人，碩士生導師13人，進修生指導老師54人，指導“四生”教學任務，培養研究生（含聯合培養），博士后21人（6位獲得博士后基金）、博士169人、碩士233人，規培生、進行生600余人。其中20人擔任全國三級甲等醫院的學科帶頭人，
獲得軍隊博士論文1篇、碩士論文2篇，全國百篇博士論文提名1篇。畢業的學生獲得求是杰出青年獎1名、中國青年科技獎2名、原總后科技新星2名、北京市科技新星6名。
作為教學示范窗口，接待到訪國內外、軍內外專家100余次。
