醫院擁有5位中國工程院院士，1百多名技術三級以上專家，1千多名高職專業技術人員。醫院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎20項，國家發明獎2項，軍隊科技進步一等獎21項。 [2]
2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院排行榜》和《2016年度中國醫院?？坡曌u排行榜》，中國人民解放軍總醫院名列第三。
在中心主任陳香美院士的領導下，建立了臨床研究、項目支持、公共服務和交流推廣等平臺，建成具有國際規模的腎臟疾病臨床信息數據庫和生物樣本資源庫，聯合全國500余家單位構建腎臟疾病臨床協同研究網絡，覆蓋全國90%的地級市。針對我國主要疾病負擔的IgA腎病、糖尿病腎病、老年腎臟病等常見慢性腎臟病以及急性腎損傷和尿毒癥患者血液凈化，從疾病危險因素、預警、診斷、和醫療質量改進多個層面，建立多中心、大樣本、長期穩定隨訪的研究隊列，組織開展大規模、多中心、高質量的臨床診療研究，已成為臨床新技術、藥品器械研發與評價的創新基地，帶動我國慢性腎病防治整體水平的提升。
2019年在科技部組織的首次績效評估中，國家慢性腎病臨床醫學研究中心成績為“”。
國家老年疾病臨床醫學研究中心（解放軍總醫院）是由國家科技部、衛生健康委員會、軍委后勤保障部和原食品藥品監督管理總局于2016年7月聯合批準建設的第三批國家臨床醫學研究中心，主任為老年醫學專家范利教授，中心依托解放軍總醫院第二醫學中心老年醫學部主管主建，擁有集國家重點學科、國家臨床醫學研究中心、國家臨床重點?？疲ㄜ婈牻ㄔO項目）、北京市及全軍重點實驗室、全軍保健人員培訓基地“五位一體”的老年醫學優勢學科群，連續5年蟬聯全國老年醫學專科排行榜榜首，涌現出一批德高望重、造詣精深的老年醫學大家，已建成體系完整、人才接續的學科體系。
先后牽頭并主持承擔了國家重大課題330多項。獲國家發明專利50余項。獲得新藥證書7項、診斷試劑生產批件13項、軍隊制劑批件43項。發表病毒性肝炎相關SCI論文800篇（IF≥10論文24篇）。依靠協同創新網絡推廣普及病毒性肝炎相關知識。一方面緊密瞄準解決臨床問題“接地氣”的宏偉目標，組織開展國際化、高質量的多中心臨床研究，取得具有重大臨床指導意義的創新性成果，另一方面創新國際交流與合作模式，與世界大學、研究院所、醫療機構和跨國企業等建立戰略合作伙伴關系，獲得具有“高大上”特性的科研成果，提高學術水平和地位。
