醫藥批發企業在進行ISO 9001認證時需要注意以下幾點：
1.質量手冊準備：編寫一個完整、規范的質量手冊，并根據ISO9001國際標準的要求進行相關的修改。
2.內部審核：組織內部審核，并編制內審報告，確定各個部門和個人是否符合認證要求，并制定糾正和預防措施。
3.文件控制：建立正確的文件管理程序、文檔控制程序和記錄管理程序，包括審查、批準和發放質量文檔。
4.培訓：進行必要的質量管理培訓，使所有員工都能理解和履行質量管理體系。
5.管理評審：按要求進行管理評審，并做出相應的決策，包括改進質量管理體系等。
6.紀錄保存：對實行質量管理體系所涉及的各類文件、文件修改、內部審查、管理評審、質量審核等紀錄進行保存。
以上是醫藥批發企業在進行ISO 9001認證時應該注意的幾個方面，實際操作中也應該根據企業自身的情況和要求進行相應的調整和優化。