把保函與跟單信用證相比，當事人的權利和義務基本相同，所不同的是跟單信用證要求受益人提交的單據是包括運輸單據在內的商業單據，而保函要求的單據實際上是受益人出具的關于委托人違約的聲明或證明。這一區別，使兩者適用范圍有了很大的不同，保函可適用于各種經濟交易中，為契約的一方向另一方提供擔保。另外，如果委托人沒有違約，保函的擔保人就不必為承擔賠償責任而付款。而信用證的開證行則必須先行付款。
稅款保付反擔保函
是指對在銀行開戶的加工貿易企業，銀行可為該企業出具以中國銀行為受益人的反擔保函。加工貿易企業在開展加工貿易業務中為免向海關繳納稅款保證金，需委托中國銀行出具以海關為受益人的稅款保付保函。
銀行保函有個缺點就是，企業自己去銀行辦理保函，必須全額保證金交到銀行，而且在規定時間內是不能挪用的，這樣會占用公司大量的流動資金，可以解決的辦法，就是找擔保公司，他們在銀行有授信，可以用他們在銀行的授信出保函，只需要給一筆擔保費就可以，不用交保證金，是非常劃算的。
保函分為：投標、履約、預付款、質量、農民工工資保函等，辦理投標保函只需要提供招標文件+營業執照電子版就可以出函，而且價格便宜。履約保函就略微比較麻煩一些，根據項目的風險度，進行測評是否需要繳納保證金，一般是全額免保證金的，保函金額在20萬以下，不太適合在擔保公司辦理，我們建議是直接去開戶行辦理，但是會稍微麻煩一點而且沒那么快能辦出來。