單用戶商城系統構建的網站所有商品、訂單等都經過同一個后臺管理處理，比如京東商城、李寧官方旗艦店，所有的商品信息、產生的訂單、會員管理全部由該網站工作人員在后臺處理。同時，網站所屬方也是整個網站的經營者，用戶不能在網站上申請開店經營。這種系統比較適合搭建B2C網上商城和規模較小的網上零售商店。
多用戶商城系統的所有操作并非在一個管理后臺中完成，網站的工作人員在后臺主要負責管理店鋪、會員、站點新聞、廣告、系統信息等，具體的商品管理、訂單操作則是由所屬店鋪人員自行處理。用戶可以在網站上申請開店。多用戶商城系統較適合搭建C2C、B2B電子商務平臺，比如淘寶、拼多多。