在ISO9001認證階段審核后，ISO9001認證機構會對組織進行第二階段審核，下面來介紹下二階段審核一些知識：
一、第二階段審核的目的
第二階段審核的目的是評價受審核方ISO9001認證體系的實施情況，包括有效性。
二、第二階段審核的依據
第二階段審核應依據認證標準的要求并基于階段審核的結果，對受審核方的管理體系進行的符合性、適宜性和有效性評價。
考慮到階段審核中收集到的有關基礎設施、工作環境、過程識別等信息，已得到審核組與受審核方的共同確認，第二階段審核時可以直接采用上述相關信息，并在階段審核的基礎上進一步審核其運行、維護、保持的情況。
三、第二階段審核的內容
1、與適用的ISO9001認證體系標準或其他規范性文件的所有要求的復合情況及證據;
2、根據關鍵績效目標和指標(與適用的管理體系標準或其他規范性文件的期望一致)，對績效進行監視、測量、報告和評審的情況;
3、受審核方的管理體系和績效中與遵守法律有關的方面;
4、受審核方過程的運作控制;
5、ISO9001認證內部審核及管理評審;
6、針對受審核方方針的管理職責;
7、規范性要求、方針、績效目標和指標(與適用的管理體系標準或其他規范性文件的期望一致)，適用的法律要求、職責、人員能力、運作、程序、績效數據和內部審核發現及結論之間的聯系。
ISO9001認證標準是按照過程方法的模式展開的，并要求組織的管理體系按過程方法建立。因此在實施ISO9001認證過程審核時要對質量管理體系每一過程從以下幾個方面進行評價：
1、過程是否己被識別并適當規定?
2、職責是否己被分配?
3、程序是否得到實施和保持?
4、在實現所要求的結果方面，過程是否有效?
過程方法在ISO9001認證審核中的應用即是要按過程實施審核，它強調以過程(子過程)為單位，而非部門，一個過程的完成可能涉及多個部門的參與，每個過程(包括組成過程的子過程)都有該過程的顧客要求，按照顧客要求建立過程目標(過程的有效性和效率方面的目標);監視這些目標的實現情況，以不斷提高過程的有效性和效率;過程的運行績效(即過程目標完成情況)由過程責任人負責。當ISO9000認證審核員真正發現企業存在的問題和原因，說到了“點子”上，企業從心里敬佩你，才能體現出審核員的水平，企業就會歡迎你下次再去審核。按過程實施審核要求組織的管理體系按過程建立，ISO9001認證審核計劃按過程編制，審核中按過程對輸入、輸出、接口進行抽樣驗證。
質量管理部門和技術管理部門要對ISO9000認證歸口過程負責
(一)各質量管理郡門要對歸口過程負責
質量管理部門要認真學習、掌握質量管理體系文件對以下過程的歸口管理控制方法，并組織有效實施。
1、ISO9000認證體系策劃等過程。
2、過程監視和測量等過程。
3、ISO9000認證質量目標分解和考核等過程。
4、內部質量管理體系審核等過程。
5、產品監視和測量等過程。
6、不合格品控制等過程。
(二)各技術管理部門要對歸口過程負責
技術管理部門要認真學習、掌握ISO9000認證體系文件對以下過程的歸口管理控制方法，并組織有效實施。
1、顧客工程規范控制等過程。
2、產品棒計開發控制等過程。
3、過程設計開發等過程。
4、產品和服務提供確認等過程。
負責ISO9001體系認證的認證機構都是經過國家認可機構認可的機構，對企業的品質體系的審核是非常嚴格的。當現場發現企業人員明顯與申請不符或發現新的多現場時可向ISO9001認證中心計劃調度員提出并追加審核時間。這樣，對于企業內部來說，可按照經過嚴格審核的國際標準化的品質體系進行品質管理，真正達到法治化、科學化的要求，極大地提高工作效率和產品合格率，迅速提高企業的經濟效益和社會效益。對于企業外部來說，當顧客得知供方按照國際標準實行管理，拿到了ISO9001認證證書，并且有ISO9001質量認證機構的嚴格審核和定期監督，就可以確信該企業是能夠穩定地生產合格產品乃至產品的信得過的企業，從而放心地與企業訂立供銷合同，擴大了企業的市場占有率。
生產管理部門、基礎設施管理部門、采購管理部門要在ISO9000認證生產準備階段做好以下工作:
1、對物資運輸策劃的適宜性情況進行確認。當運輸業務外包時，要對其質量保證能力進行評價。并按ISO9000認證標準的要求控制管理。
2、對供方提供物資的準時率等狀況進行核查。對供方交付能力的評價，要求計劃數量和計劃交付時間與實際交付的數量和時間必須保持一致。
3、對物資按期量貯存的合理性情況進行核查。對各種貯存物資都要事先規定出合理的貯備量，以滿足準時生產的需求。
4、對公司內外運輸設施配置適宜性情況進行核查。對外部運輸的車輛要保證性能良好，運轉正常。對內部運輸設施，要保證配置適宜合理。
5、對庫房貯存場地等設施的策劃、符合性、適宜性情況進行核查。對庫房物資的貯存情況要定期檢查，保證物資沒有變質和失效情況發生。
6、對庫房管理與ISO9000認證相關文件的符合性進行核查。當庫房管理升級為ERP系統時，要對物資出入庫環節嚴格控制。并對增加的新產品及時編碼錄入，以保持ERP管理系統和實際管理狀況的一致性和符合性。