1. 功能區(qū)別：
1.1 公眾號主要服務(wù)于企業(yè)和個人的營銷與信息傳遞（服務(wù)號兼顧了一部分產(chǎn)品應(yīng)用與服務(wù)能力），而小程序主要面向產(chǎn)品與服務(wù)。
1.2 公眾號為用戶提供了一種面向廣大微信用戶的新信息傳播方式，構(gòu)建與讀者之間體驗更好的溝通與管理模式，結(jié)合H5以后，公眾號也能夠提供一些簡單交互功能，但是體驗不是很。
1.3 小程序與公眾號在開發(fā)語言、設(shè)計規(guī)范、營銷方式、審核機制等功能方面均有較大不同；小程序主要旨在提供具體服務(wù)，小程序運行更流暢，能夠提供更加復(fù)雜的產(chǎn)品與服務(wù)。
2. 入口區(qū)別：
系統(tǒng)給了小程序獨立的統(tǒng)一入口讓小程序不至于淹沒在用戶聊天或公眾號列表中；另外小程序也支持公眾號菜單和推文鏈接、朋友圈分享太陽碼、群與小程序、附近小程序之間的互動與導(dǎo)流；截至目前，系統(tǒng)一共為小程序提供了40多類入口，這些入口善加利用可為小程序帶來大量長尾流量。
3. 體驗區(qū)別：
3.1 技術(shù)區(qū)別：談到小程序和公眾號的體驗區(qū)別就得談一下底層的技術(shù)區(qū)別，因為這是小程序和公眾號用戶體驗不同的根源。
3.1.1 小程序類似于系統(tǒng)內(nèi)優(yōu)化過的CS結(jié)構(gòu)（客戶端—服務(wù)器結(jié)構(gòu)）應(yīng)用，但并不像傳統(tǒng)CS結(jié)構(gòu)應(yīng)用一樣需要安裝客戶端軟件，小程序通過WebSocket等連接技術(shù)實現(xiàn)雙向通信、通過本地緩存圖片與UI空間等程序框架降低與服務(wù)器交互延時，通過系統(tǒng)底層技術(shù)優(yōu)化實現(xiàn)了接近原生手機APP的體驗。
3.1.2 公眾號是典型的BS結(jié)構(gòu)（瀏覽器—服務(wù)器結(jié)構(gòu)）應(yīng)用，公眾號應(yīng)用主要基于傳統(tǒng)H5開發(fā)與運行，而傳統(tǒng)H5運行環(huán)境是瀏覽器，瀏覽器應(yīng)用的特點是每次刷新頁面都要去服務(wù)器取一遍內(nèi)容，因此體驗明顯偏慢和不流暢。
3.1.3 從兩者的系統(tǒng)權(quán)限方面，小程序能夠通過APP獲得更多的系統(tǒng)權(quán)限，比如網(wǎng)絡(luò)通信狀態(tài)、數(shù)據(jù)緩存能力等。在此機制下，APP相當于架在原有系統(tǒng)中的新的操作系統(tǒng)，小程序借助系統(tǒng)與系統(tǒng)間接交互，使得能夠擁有原生APP的體驗。而這一點恰巧是原有公眾號內(nèi)的H5 web 應(yīng)用的不足，因此，H5應(yīng)用主要用于業(yè)務(wù)邏輯與交互簡單的應(yīng)用中，wboll認為未來體驗良好的應(yīng)用都應(yīng)該用小程序重構(gòu)或者建立。
3.2 說完技術(shù)上的區(qū)別我們再去談體驗問題就非常的清晰了。公眾號中原有H5應(yīng)用點擊功能后經(jīng)常頂部出現(xiàn)綠色進度條需要等一段時間（有時候是很長時間），對于業(yè)務(wù)邏輯復(fù)雜交互要求高的應(yīng)用使用起來體驗就非常差。而小程序非常流暢幾乎無需等待，類似普通APP操作后切換一樣流暢。主要原因是公眾號沒有本地緩存，所以每次打開都是會請求服務(wù)器刷新頁面，造成延時較長、體驗下降，小程序中UI與圖片已經(jīng)本地緩存，只需請求服務(wù)器端數(shù)據(jù)，頁面切換并不刷新，所以體驗上才能媲美原生APP。