高新企業申報不是企業中哪一單個部門的工作，而是需要各個部門相互配合才能完成。在日常的工作中，需設立一套完整的針對于各部門工作要求的管理制度。具體可以參考以下各項指標：
一、高新企業申報工作參考指標
1、管理層人才需要制定企業在高新領域發展戰略規劃，建立對應的小組討論，根據高新認定的要求擬定相關的措施，如科技成果轉化的提升方向或者技術產品的收入等；
2、確定知識產權的規劃，在數量和質量方面定恒，做好時間上的把控，保證在高新企業申報前能獲取有效知識產權；
3、研發小組需要確立研發部門及組織管理制度的規范體系，完善研發管理流程；
4、企業要建立合理的用工機制，確?？萍既藛T比例達標，對科研人員的管理進行系統的安排；
5、健全研發費用核算體系，清楚認知研發費用包含內容和歸集辦法，確保研發費用達標；
6、合理規劃研發項目，制定研發目標以確保研發整體的進度，及時趕上高新企業申報時間；
7、及時準備有關部門要求提交的相關材料，材料要求邏輯性強，以防自相矛盾。
二、高新企業工作職責要求
1、企業要挑選高專業高素質的會計從業人員，這樣在進行高新企業申報時才能快速理解高新技術企業的財務核算要求，避免企業財務處理方面出現問題而導致無法申報成為高新技術企業。
2、企業在確立研發項目時，要進行研發項目小組分工，明確每個人的崗位職責和目標，避免人員工作內容的沖突，確保研發活動順利進展和研發進度的統一進行；
3、企業核算體系方面，以研發費用為例，企業需要按照工作指引的要求以單個研發活動為基本單位分別進行歸集并加總計算的，要設置專門的研發費用輔助核算賬目，對每個研究開發項目進行費用或資產化登記并提供相關憑證及明細表。申報企業應具有完善的財務內部控制制度，嚴格按照企業會計準則或相關財務會計制度的規定記載或披露財務會計信息。
4、企業要對高新企業申報要上交的材料進行整理，對一些文件要進行加蓋印章，還有一些不僅需要報告，還需要憑證和單據作為證明的材料都要整理清楚。