有干貨集裝箱（DRY CONTAINER）、散貨集裝箱（BULK CONTAINER）、液體貨集裝箱、冷藏箱集裝箱，以及一些特種專用集裝箱，如汽車集裝箱、牧畜集裝箱、獸皮集裝箱等。
雜貨集裝箱是是最普通的集裝箱，主要用于運輸一般雜貨，適合各種不需要調節溫度的貨物使用的集裝箱，一般稱通用集裝箱。
散貨集裝箱是用以裝載粉末、顆粒狀貨物等各種散裝的貨物的集裝箱。
液體貨集裝箱是用以裝載液體貨物的集裝箱。
冷藏集裝箱是一種附有冷凍機設備，并在內壁敷設熱傳導率較低的材料，用以裝載冷凍、保溫、保鮮貨物的集裝箱。
汽車集裝箱是一種專門設計用來裝運汽車，并可分為兩層裝貨的集裝箱。
牲畜集裝箱（PEN CONTAINER）是一種專門設計用來裝運活"牲畜的集裝箱，有通風設施，帶有喂料和除糞裝置。
獸皮集裝箱是一種專門設計用來裝運生皮等帶汁滲漏性質的貨物，有雙層底，可存貯滲漏出來的液體的集裝箱。
按用途分
有冷凍集裝箱（REEFER CONTAINER），簡寫RF，掛衣集裝箱（DRESS HANGER CONTAINER），開頂集裝箱（OPEN TOP CONTAINER）簡寫OT，框架集裝箱（FLAT RACK CONTAINER）簡寫FR，罐式集裝箱（TANK CONTAINER）簡寫TK、冷藏集裝箱、平臺集裝箱（PLATFORM CONTAINER）、通風集裝箱（VENTILATED CONTAINER）、保溫集裝箱（INSULATED CONTAINER）。
集裝箱裝卸區
是集裝箱運輸中，箱或貨裝卸交換保管的具體經辦部門。它受承運人或其代理人的委托，進行下列各項業務：
對整箱貨運的交換、保管；
設有集裝箱貨運站者，辦理拼箱貨的交接；
安排集裝箱船的靠泊，裝卸集裝箱，每航次編制配載圖；
辦理有關貨運單證的編簽；
編制并簽驗集裝箱運用運載工具的出入及流轉的有關單證；
辦理集裝箱及運載工具、裝卸工具的情況檢查、維修，以及空箱的清掃、熏蒸等工作；
空箱的收發、存貯和保管；
安排空箱和重箱在堆場的堆碼，及編制場地分配計劃；
其他有關業務工作。
集裝箱裝卸區一般由專用碼頭、前沿、堆場、貨運站、指揮塔、修理部門、大門和辦公室組成。有時堆場或貨運站等可延伸到市區內部事5-15公里的中轉站。