根據ISO/TC-104 668 Dimensions and ratings標準的規定，按照集裝箱的長度，集裝箱可以分為10‘，20’，30‘，40’，45‘，30’集裝箱一般不使用，使用最多的長度尺寸為20‘和40’的集裝箱，而且生產制造的集裝箱95%以上為長度40'的集裝箱。最近幾年，45‘集裝箱的使用越來越多，所以在2005年換版時把該尺寸的集裝箱加入了該標準。
另外一種是夾套冷藏集裝箱，這種冷藏集裝箱的特點是沿著箱壁有一個供冷空氣循環的通道——夾套。這種冷藏集裝箱的優點是貨物的裝載不影響空氣的循環，因而不影響溫度的分布；其次，夾套空間的全部容積都用于裝載貨物，這一點對裝運低密度的貨物是非常有利的。這種集裝箱不能裝有呼吸的貨物，一般用來裝運凍結貨物。
氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。
采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
耗用冷劑式冷藏集裝箱
耗用冷劑式冷藏集裝箱泛指各種無須外接電源或燃料供應的冷藏集裝箱，包括水冰冷藏集裝箱、干冰冷藏集裝箱、液氮冷藏集裝箱、液體空氣冷藏集裝箱、液體二氧化碳冷藏集裝箱、冷板式冷藏集裝箱等。耗用冷劑式冷藏集裝箱的特點是在運輸過程中，不需要外接電源或燃料供應，無任何運動部件，維修保養要求低。主要缺點是無法實現連續制冷，儲冷劑放熱和消耗后必須重新充冷或補充，較難實現的溫度控制，制冷設備占用空間較大。耗用冷劑式冷藏集裝箱主要適用于小型冷藏集裝箱的短距離運輸。耗用冷劑式冷藏集裝箱只在區域性短途冷藏運輸中尚有使用，而在國際冷藏運輸中已無使用并有逐步被淘汰的趨勢。