有干貨集裝箱（DRY CONTAINER）、散貨集裝箱（BULK CONTAINER）、液體貨集裝箱、冷藏箱集裝箱，以及一些特種專用集裝箱，如汽車集裝箱、牧畜集裝箱、獸皮集裝箱等。
雜貨集裝箱是是最普通的集裝箱，主要用于運輸一般雜貨，適合各種不需要調節溫度的貨物使用的集裝箱，一般稱通用集裝箱。
散貨集裝箱是用以裝載粉末、顆粒狀貨物等各種散裝的貨物的集裝箱。
液體貨集裝箱是用以裝載液體貨物的集裝箱。
冷藏集裝箱是一種附有冷凍機設備，并在內壁敷設熱傳導率較低的材料，用以裝載冷凍、保溫、保鮮貨物的集裝箱。
汽車集裝箱是一種專門設計用來裝運汽車，并可分為兩層裝貨的集裝箱。
牲畜集裝箱（PEN CONTAINER）是一種專門設計用來裝運活"牲畜的集裝箱，有通風設施，帶有喂料和除糞裝置。
獸皮集裝箱是一種專門設計用來裝運生皮等帶汁滲漏性質的貨物，有雙層底，可存貯滲漏出來的液體的集裝箱。
按用途分
有冷凍集裝箱（REEFER CONTAINER），簡寫RF，掛衣集裝箱（DRESS HANGER CONTAINER），開頂集裝箱（OPEN TOP CONTAINER）簡寫OT，框架集裝箱（FLAT RACK CONTAINER）簡寫FR，罐式集裝箱（TANK CONTAINER）簡寫TK、冷藏集裝箱、平臺集裝箱（PLATFORM CONTAINER）、通風集裝箱（VENTILATED CONTAINER）、保溫集裝箱（INSULATED CONTAINER）。
集裝箱計算單位，簡稱：TEU，是英文Twenty Equivalent Unit的縮寫， 又稱20英尺換算單位，是計算集裝箱箱數的換算單位。也稱國際標準箱單位。通常用來表示船舶裝載集裝箱的能力，也是集裝箱和港口吞吐量的重要統計、換算單位。
各國大部分集裝箱運輸，都采用20英尺和40英尺長的兩種集裝箱。為使集裝箱箱數計算統一化，把20英尺集裝箱作為一個計算單位，40尺集裝箱作為兩個計算單位，以利統一計算集裝箱的營運量。
在統計集裝箱數量時有的一個術語：自然箱，也稱"實物箱"。自然箱是不進行換算的實物箱，即不論是40英尺集裝箱，30英尺集裝箱，20英尺集裝箱或10英尺集裝箱均作為一個集裝箱統計。