冷藏集裝箱是指具有隔熱的箱壁（包括端壁和側壁）、箱門、箱底和箱頂，能阻止內外熱交換的集裝箱。冷藏集裝箱包括耗用冷劑式冷藏集裝箱、機械式冷藏集裝箱、制冷/加熱集裝箱、隔熱集裝箱以及氣調冷藏集裝箱等。
此外，有一種低壓冷藏集裝箱與氣調冷藏集裝箱類似，這種集裝箱是將果蔬置于低壓環境中進行儲運。箱內壓力為1333～10666 Pa，相對濕度90%～95%，溫度一2℃～+16℃。氧的含量為（0.1±0.03）%，要進行換氣，以便限制乙烯和 等有害氣體。低壓冷藏集裝箱由制冷系統、真空系統和動力系統組成。制冷系統用于降低溫度；真空系統用于排除箱中的空氣和水汽；動力系統用于柴油發電，供集裝箱用電。
另外一種是夾套冷藏集裝箱，這種冷藏集裝箱的特點是沿著箱壁有一個供冷空氣循環的通道——夾套。這種冷藏集裝箱的優點是貨物的裝載不影響空氣的循環，因而不影響溫度的分布；其次，夾套空間的全部容積都用于裝載貨物，這一點對裝運低密度的貨物是非常有利的。這種集裝箱不能裝有呼吸的貨物，一般用來裝運凍結貨物。
根據冷藏集裝箱材質，冷藏集裝箱可以分為鋁質冷藏集裝箱和鋼質冷藏集裝箱。由于鋁質冷藏集裝箱的成本比較高，且容易損壞，維修費用高，所以在2000年后逐漸被淘汰，主要生產鋼質冷藏集裝箱，在SHSCRC（COM）可以看到相關圖片。