冷藏集裝箱是指具有隔熱的箱壁（包括端壁和側壁）、箱門、箱底和箱頂，能阻止內外熱交換的集裝箱。冷藏集裝箱包括耗用冷劑式冷藏集裝箱、機械式冷藏集裝箱、制冷/加熱集裝箱、隔熱集裝箱以及氣調冷藏集裝箱等。
隔熱集裝箱的特點是箱體本身結構簡單，箱體貨物有效裝載容積率高，造價便宜。適合大批量、同品種冷凍或冷藏貨物在固定航線上運輸。其缺點是缺少靈活性，對整個運輸線路上的相關配套設施要求高。
氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。
采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
⒈冷藏箱裝貨后應檢查冷藏或冷凍貨的原有質量，并在貨單上加以說明。
⒉在裝箱過程中，應嚴格裝貨堆碼原則，避免冷風短路造成降溫不平衡，降低制冷裝置的制冷效率。
⒊冷凍貨長距離運輸時，箱內設定溫度與設定溫度差不能超過3℃。若運送冷卻貨，其溫度誤差應不大于0.5℃，不大于0.25℃。
⒋集裝箱運送新鮮水果、蔬菜等，應及時打開新風口，進行通風換氣。但運送冷凍貨時，應關閉新風口。
⒌在運送紙盒包裝的冷卻貨時，應根據室外氣溫及濕度情況，及時進行通風，保持箱內空氣的干燥，防止包裝箱外表面凝露。