氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。
采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
隔熱集裝箱的特點是箱體本身結構簡單，箱體貨物有效裝載容積率高，造價便宜。適合大批量、同品種冷凍或冷藏貨物在固定航線上運輸。其缺點是缺少靈活性，對整個運輸線路上的相關配套設施要求高。
機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設備復雜、初始投資大、維修費用高；箱內溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內需設風機、風道系統，會增加箱內貨物的干耗、脫水。
冷藏集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不高于-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。