另外一種是夾套冷藏集裝箱，這種冷藏集裝箱的特點(diǎn)是沿著箱壁有一個(gè)供冷空氣循環(huán)的通道——夾套。這種冷藏集裝箱的優(yōu)點(diǎn)是貨物的裝載不影響空氣的循環(huán)，因而不影響溫度的分布；其次，夾套空間的全部容積都用于裝載貨物，這一點(diǎn)對(duì)裝運(yùn)低密度的貨物是非常有利的。這種集裝箱不能裝有呼吸的貨物，一般用來(lái)裝運(yùn)凍結(jié)貨物。
氣調(diào)冷藏集裝箱具有一般機(jī)械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時(shí)裝有一種氣調(diào)設(shè)備，可以調(diào)節(jié)和控制箱體內(nèi)的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強(qiáng)度，從而減緩果蔬的成熟進(jìn)度，達(dá)到保鮮的目的。
氣調(diào)保鮮的關(guān)鍵是調(diào)節(jié)和控制貨物儲(chǔ)存環(huán)境中的各種氣體的含量。最常見(jiàn)的是用充氮降氧方法來(lái)降低環(huán)境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調(diào)冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過(guò)2m3/h。
采用氣調(diào)冷藏集裝箱運(yùn)輸具有保鮮效果好、儲(chǔ)藏?fù)p失少、保鮮期長(zhǎng)和對(duì)果蔬無(wú)任何污染的優(yōu)點(diǎn)。但由于采用氣調(diào)設(shè)備后，技術(shù)要求高，冷藏集裝箱價(jià)格高，因此使用還不普遍。
隔熱集裝箱在20世紀(jì)70年代前曾經(jīng)是國(guó)際上冷藏保鮮貨物的主要運(yùn)輸工具之一，隨著20世紀(jì)80年代之后機(jī)械式冷藏集裝箱的大量使用，隔熱集裝箱已逐步被更為靈活的機(jī)械式冷藏集裝箱所取代，但在某些具有穩(wěn)定貨源的航線上仍有使用。
冷藏集裝箱運(yùn)送凍結(jié)貨時(shí)通常使用溫度應(yīng)不高于-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會(huì)大大減慢，有時(shí)達(dá)到設(shè)定溫度要求需要15-16h。若進(jìn)貨溫度較高，則達(dá)到設(shè)定溫度需要2-3d。