專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。適用裝載肉類、水果等貨物。冷藏集裝箱造價較高，營運費用較高，使用中應注意冷凍裝置的技術狀態及箱內貨物所需的溫度。
制冷加熱集裝箱
制冷加熱集裝箱是指設有制冷裝置（機械式制冷或耗用制冷劑制冷）和加熱裝置的冷藏集裝箱。這種集裝箱不僅有制冷裝置，而且具有加熱裝置，可以根據需要采取制冷或加熱手段，使冷藏集裝箱內的溫度控制在所設定的范圍內，一般箱內控制溫度范圍為一18℃～38℃。
冷藏集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不高于-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。
根據ISO/TC-104 668 Dimensions and ratings標準的規定，按照集裝箱的長度，集裝箱可以分為10‘，20’，30‘，40’，45‘，30’集裝箱一般不使用，使用最多的長度尺寸為20‘和40’的集裝箱，而且生產制造的集裝箱95%以上為長度40'的集裝箱。最近幾年，45‘集裝箱的使用越來越多，所以在2005年換版時把該尺寸的集裝箱加入了該標準。