首先通常我們用的交流電源電壓一根線和大地相連，另一根線與大地之間有220V的電位差。人接觸會產生觸電。而隔離變壓器的次級不與大地相連，它的任意兩線與大地之間沒有電位差。人接觸任意一條線都不會發生觸電，這樣就比較。
其次，隔離變壓器的輸出端跟輸入端是完全“斷路”隔離的，這樣就有效的對變壓器的輸入端（電網供給的電源電壓）起到了一個良好的過濾作用。從而給用電設備提供了純凈的電源電壓。
另一用途是防干擾。可廣泛用于地鐵、高層建筑、機場、車站、碼頭、工礦企業及隧道的輸配電等場所。
一般變壓器原、副繞組之間雖也有隔離電路的作用，但在頻率較高的情況下，兩繞組之間的電容仍會使兩側電路之間出現靜電干擾。為避免這種干擾，隔離變壓器的原、副繞組一般分置于不同的心柱上，以減小兩者之間的電容；也有采用原、副繞組同心放置的，但在繞組之間加置靜電屏蔽，以獲得高的抗干擾性。
屏蔽隔離變壓器在隔離變壓器的一次側和二次側之間插入一層金屬屏蔽層，屏蔽層將一次側與二次側之間的電容分為兩個，起到了屏蔽作用。如將金屬屏蔽層與變壓器接地端連接，則來自一次側的共模干擾在到達二次側前被屏蔽層阻抗旁路。如將金屬層與變壓器一次側輸入端(有調壓抽頭時接調壓抽頭或接地端和零線端)連接，來自一次側的差模干擾在到達二次側前也被屏蔽層短路。
雙重屏蔽隔離變壓器當一次側同時出現共模和差模干擾時，將一層屏蔽層連接到一次側以降低差模噪聲，將另一層屏蔽層連接到共模干擾的基準面或地線上以降低共模噪聲。隔離變壓器外殼也被連接到地線上。屏蔽層的連接線必須短而可靠，否則在高頻時，屏蔽效果明顯降低。