泥鰍喜歡棲息于靜水的底層，常出沒于湖泊、池塘、溝渠和水田底部富有植物碎屑的淤泥表層，對環境適應力強。生活水溫10～30℃，最適水溫為25～27℃，故應屬溫水魚類。當水溫升高至30℃時，泥鰍即潛入泥中度夏。冬季水溫下降到5℃以下時，即鉆入泥中20～30cm深處越冬。
泥鰍不僅能用鰓和皮膚呼吸，還具有特殊的腸呼吸功能；當天氣悶熱或池底淤泥、腐植質等物質腐爛，引起嚴重缺氧時，泥鰍也能躍出水面，或垂直上升到水面，用口直接吞入空氣，而由腸壁輔助呼吸，當它轉頭緩緩下潛時，廢氣則由肛門排出。每逢此時，整個水體中的泥鰍都上升至水面吸氣，此起彼伏，故西歐人對它有“氣候魚”之稱。冬季寒冷，水體干涸，泥鰍便鉆入泥土中，依靠少量水分使皮膚不致干燥，并全靠腸呼吸維持生命。待翌年水漲，又出外活動。
由于泥鰍忍耐低溶氧的能力遠遠高于一般魚類，故離水后存活時間較長。在干燥的桶里，全長4～5厘米的泥鰍幼魚能存活1小時，而全長12厘米的成魚可存活6小時，并且將它們放回水中仍能活動正常。泥鰍多在晚上出來捕食浮游生物、水生昆蟲、甲殼動物、水生高等植物碎屑以及藻類等，有時亦攝取水底腐植質或泥渣。泥鰍2冬齡即發育成熟，每年4月開始繁殖（水溫18℃），產卵在水深不足30厘米的淺水草叢中，產出的卵粒粘附在水草或被水淹沒的旱草上面。孵出的仔魚，常分散生活，并不結成群體。