在魚苗培育過程中，由于魚苗個體較小，活動能力差以及飼養管理條件和環境因子的作用常受到一些病害與敵害的危害，直接影響到魚苗的成活率，現介紹幾種對魚苗魚種危害較大的常見病害和敵害的防治方法。白頭白嘴病。主要危害放養一周后的夏花魚種，病魚的吻部及頭部呈乳白色，該病屬急性病，發病迅速，易致魚苗大批量死亡。其防治可用含有效氯30％的漂白粉全池潑灑1～2次，濃度為1ppm。
小瓜蟲病：在病魚的鰓部及體麥形成“小白點”，蟲體多時易致魚死亡。此病可用0.1～0.2ppm的硝酸亞汞或孔雀石綠全池潑灑來防治或采用辣素療法，即用1.5ppm于辣椒粉1ppm的生姜合劑加水煮沸30分鐘兌水全池潑灑，每日一次，連續2～3次，療效好又經濟。切勿用硫酸銅來，否則，不但不能治好，而且會加重魚的病情。
車輪蟲病：該蟲體寄生于魚體表與鰓部，刺激魚體產生大量粘液，出現“紅頭白嘴”現象，對夏花魚種危害較大。可用0.7ppm硫酸銅在硫酸亞鐵合劑(5：2)全池潑灑來防治，也可用苦楝樹枝葉按每畝池塘每米水深用60斤煮汁全池潑灑來。
劍水蚤：這是魚菌生長期的主要敵害之一，當水溫在18℃以上時，水質較肥的魚池中劍水蚤易繁殖，既會咬死魚苗，又消耗池中溶氧，影響魚苗生長。直接而有效的防治方法就是每畝池塘每米水深用90％的晶體敵百蟲0.3～0.4公斤兌水溶解后全塘潑灑。
水蜈蚣：該敵害對魚苗危害很大，一只水蜈蚣一晝夜大紅約可夾死魚苗30尾，其防治方法有兩種，一種是點燈誘殺，即在無風夜晚用木框架浮于池塘水面上，并用小竹桿固定，在框內撒一些柴油或煤油，同時點一盞燈，利用水蜈蚣的趨光性將水蜈蚣誘集于框下，使之觸油后窒息死亡。另一種方示是用花椒果和菜油來殺滅。將花椒果放入鍋中燒枯研碎，再將菜油燒開，趁熱倒入油內拌勻，冷卻后在傍晚時全池潑灑，用量為每畝池塘用花椒果和菜油各1～1.5公斤。
青泥苔和水網藻：當魚苗游入布滿青泥苔和水網藻內時常被纏死，且這些藻類還會消耗水中養分，使池水變瘦，影響魚苗正常生長。防治時，可用草木灰覆蓋于青泥苔和水網藻滋生處，以控制其生長繁殖或用0.7ppm硫酸銅全池潑灑。另外，也可按每立方米水體用生石膏粉80克分三次均勻全池潑灑，每次間隔時間3～4天，若青苔嚴重時用量增加20克，放藥在下午喂魚后進行，放藥后注水10～20厘米效果更好。此法不會使池水變瘦，也不會造成缺氧，半月內可全殺滅青苔。