公司異常不處理的后果包括：受到政府部門的信用聯(lián)合懲戒、日常經(jīng)營活動受限、信用受疑導(dǎo)致交易相對方拒絕合作、被列入嚴重違法企業(yè)名單、銀行賬戶被凍結(jié)、申請商標受阻等。
1.政府部門實施信用聯(lián)合懲戒：被列入經(jīng)營異常名錄的企業(yè)在申請辦理各類登記備案事項、行政許可審批事項和資質(zhì)審核、從業(yè)任職資格等有關(guān)事項時，行政管理部門將予以審慎審查。同時，根據(jù)《企業(yè)信息公示暫行條例》的相關(guān)規(guī)定，各級政府部門在政府采購、工程招投標、國有土地出讓、授予榮譽稱號等工作中，對被列入經(jīng)營異常名錄的企業(yè)依法予以限制或者禁入。
2.平時的經(jīng)營活動會受到限制：經(jīng)營異常名錄信息已被銀行等金融機構(gòu)作為貸款、擔保、保險等商事活動的參考依據(jù)。對被列入經(jīng)營異常名錄的企業(yè)，金融機構(gòu)可能因此而不受理其銀行開戶、貸款等業(yè)務(wù)。
3.信用有疑慮可能會致交易相對方拒絕合作：市場交易相對方在選擇交易對象時，也對被列入經(jīng)營異常名錄的商事主體進行更為嚴格的審查，甚至取消與其進行的合作。
4.載入滿三年列入嚴重不合法企業(yè)名單：按照法律規(guī)定，被列入經(jīng)營異常名錄滿3年仍未履行信息公示義務(wù)的企業(yè)，將被列入嚴重不合法企業(yè)名單，并通過公示系統(tǒng)向社會公示。
5.銀行賬戶被凍結(jié)。
6.申請商標受阻。
7.公司異常不處理會導(dǎo)致公司法人、股東的個人征信受到影響，包括無法貸款買房、無法移民、無法領(lǐng)取養(yǎng)養(yǎng)老保險等。此外，公司法人還可能會被限制出境，無法搭乘飛機高鐵。
公司異常不處理還會影響到公司的稅務(wù)問題。如果公司長期不報稅，不僅會產(chǎn)生滯納金，還可能會被稅務(wù)局認定為“走逃戶”，進而影響到公司法人、股東、財務(wù)負責人的信用記錄，使得他們在全國范圍內(nèi)成立新公司或辦理貸款等業(yè)務(wù)受到限制。