1、存在尚未抵扣的留抵稅額
很多企業在注銷前往往銷售額都不多，銷項稅額也不多，但是可能由于前期的產生的進項稅額較多，在注銷前都有大量的留抵稅額。
但企業可以在注銷前將相當于該部分進項稅額的貨物分配給股東，按照視同銷售，計算銷項稅額?；蛘咪N售給其他企業，產生銷項稅額，注意盡量在注銷時減少留抵稅額。
2、注銷前賬面上仍有存貨
一般納稅人終止生產經營，辦理注銷稅務登記，要先辦理一般納稅人注銷，如果尚有未曾出售的存貨，則會分配給股東或投資者，作為出資的收回或利潤的分配。
某一般納稅人企業，商貿批發行業，2017年年底，不想經營了，準備注銷。但是賬面還有10萬元的存貨，市場價(不含稅)為 12萬元。稅務上怎么處理呢？
根據《增值稅暫行條例實施細則》規定:“將自產、委托加工或購買的貨物分配給股東或投資者”屬于視同銷售行為。
注銷時，需按市場價12萬繳納增值稅，應交增值稅為12萬乘以適用稅率。
3、注銷前有未繳納的印花稅
印花稅作為一個小稅種，平時在大家眼里無甚存在感！但企業注銷時，它卻是必查項目!企業成立以來的重大合同，均會進行印花稅審核，實收資本、資本公積，租售，購銷合同都是檢查重點!注銷前，仔細檢查一 遍，該補的趕緊補！
4、注銷前有尚未清償的債務
公司依法定程序進行注銷，要成立清算組進行公告清理債權債務。如果經公告，在45天內，債權人沒有申請債權視為自動放棄。如果沒有公告，沒有進行清算，即使公司注銷，債務也不會消滅，債權人有權繼續主張。
在稅務處理上，如果公司的債權人放棄債權，應該計入“營業外收入”，根據利潤情況繳納企業所得稅。
5、注銷前有尚未收回的款項
假如公司借款給股東，一直未歸還，也沒有用于生產經營的，應當依照“利息、股息、紅利所得”項目計征個人所得稅，稅率為20%。
假如借款給員工，且未用于生產經營，超過一年(或年度終了)未還，應按“工資、薪金所得”計征個人所得稅，由企業履行代扣代繳義務。
對于其他確實無法收回的款項計入“營業外支出一-壞賬損失”在企業所得稅前列支。
注：企業注銷前一定要先自查是否存在留抵稅額，存貨的結余情況，企業的債權債務以及是否有未繳納的印花稅，否則注銷時將面臨涉稅風險。