目前潔凈室凈化工程中常用的處理顆粒物的方式有很多種，凈化工程中，空氣過濾一般需要采用中效過濾器和高中效過濾才能滿足處理要求，缺點是阻力值偏大，約為100~200 Pa，需要定期清洗或更換，優點是沒有二次污染。
潔凈室凈化工程根據污染物的類型不同，處理空氣凈化的方式也大不相同，且有利有弊，關于顆粒物主要有靜電除塵、過濾、負離子等。氣態的VOCs，主要有吸附和光催化。對于霉菌類等微生物，可依靠紫外來。凈化工程期間，每種方法具備各自的獨特性，即使是高-效過濾器對VOCs也是無效的。
在潔凈室凈化工程中，如何控制潔凈室的壓差呢 主要是利用空氣的壓力和氣流的流動。潔凈新風以一定的速度流入室內，使得室內“空氣充盈”，空氣密度大于室外，從而形成了一定的壓差。不同潔凈室的壓差要求不同，在潔凈工程時要多加注意。以下給大家列舉相關規范。
《藥品生產質量管理規范GMP(2010年修訂)》
潔凈區與非潔凈區、不同潔凈區之間的壓差應當不小于10Pa，必要時，為了防止藥品粉塵的交叉污染，在潔凈室凈化工程中，相同潔凈度級別的不同功能區域之間也應當保持適當的壓差梯度。
《醫院潔凈手術室建筑技術規范》GB50333-2013
潔凈區對與其相通的非潔凈區應保持正壓，小靜壓差應大于等于5 Pa，大靜壓差應小于20 Pa。這主要是潔凈等級的不同造成的，在潔凈工程中應區別對待，確定合適的壓差。
要維持壓差，這需要合理的潔凈室設計，取得新風量與靜壓差之間的協調，要使得“進風”多于“出風”，靜壓差是制定換氣次數的重要參考因素。過高的靜壓差是沒有必要的，反而會增加新風量，增加潔凈室的運行成本，而若是新風量不足，達不到相應的靜壓差，又是不合格的。